Борис Михайлович Скрынников родился 17 июня 1956 года в селе Клеповка Бутурлиновского района Воронежской области в семье учителей. Русский.
Окончил Воронежский лесотехнический институт по специальности инженер-механик, после чего в 1977—1979 годах проходил действительную военную службу в Таманской дивизии. 1979-1989 года преподавал в Воронежском лесотехническом институте.
В 1986 году защитил диссертацию и получил учёную степень кандидата технических наук.
В 1992 году окончил докторантуру Всесоюзного НИИ механизации сельского хозяйства ВАСХНИЛ.
Автор 25-и изобретений, права на доходы от внедрения которых он передал государству.
С 1992 года — директор АОЗТ «Тандэм»; потом до 1997 года работал председателем правления ВООСЗИ «Исток».
В марте 1997 года избран депутатом Воронежской областной Думы, возглавлял постоянную комиссию по законодательству, местному самоуправлению, безопасности и правам человека.
Март 2001 - февраль 2004 гг. -заместитель председателя Воронежской областной Думы.
На выборах 25 января 2004 года избран главой города Воронежа (ныне — городского округа г. Воронеж)
4 февраля 2004 года вступил в должность.
В марте 2008 года проиграл выборы мэра г. Воронеж.