Юрий Емельянович Булыгин родился в 1934 г. в Воронеже в семье служащего. Русский.
Окончил Воронежский инженерно-строительный институт.
В органах госбезопасности: с 1957 г.
Учился в школе КГБ №311, после ее окончания в 1958 г. работал в военной контрразведке: оперуполномоченный, старший оперуполномоченный, заместитель начальника сектора ОО КГБ по ПрибВО. С января 1966 г. учился в аспирантуре, в декабре 1967 – мае 1971 г. – преподаватель, старший преподаватель кафедры Высшей Краснознаменной школы КГБ им. Ф.Э.Дзержинского.
Заместитель начальника Оперативно-аналитической службы 3-го Управления КГБ СССР (июль 1975 – март 1980 г.);
Начальник отдела 3-го Управления КГБ СССР (март 1980 – май 1983 г.);
Заместитель начальника УОО КГБ по ГСВГ (май 1983 – июль 1986 г.);
Заместитель начальника Высшей Краснознаменной школы КГБ им. Ф.Э.Дзержинского – начальник факультета №5 (июль 1986 – ноябрь 1987 г.);
Заместитель начальника Управления кадров КГБ СССР (ноябрь 1987 – январь 1991 г.);
1-й заместитель начальника 3-го Главного управления КГБ СССР (январь – 15 октября 1991 г.);
26 августа – декабрь 1991 гг. - и.о. начальника, с 15 октября 1991 г. – начальник 3-го Главного управления КГБ СССР
Начальник Главного управления военной контрразведки МСБ СССР (декабрь 1991 г.);